Era Keio tahun ke-3, Hinomoto, Eito. Di tengah kekacauan masa Bakumatsu, pemuda bernama Kuu Bashin bermimpi menjadi lebih kuat melalui Standard Battle Spirits. Hidupnya berubah saat ia bertemu Ajara Zetsu, seorang samurai pengembara sekaligus Eternal Battler tangguh yang sedang diburu oleh pasukan anti-shogun. Ketika dunia Standard dan Eternal Battle saling bersinggungan, Kuu terseret ke dalam perjalanan Zetsu—dan turut menggerakkan roda sejarah.
